为纪念1945年9月3日抗日战争和国际反法西斯战争胜利，于1946年5月4日在座谈会基础上正式成立九三学社。
中华人民共和国建立后，九三学社郑重宣布：接受中国共产党的领导，以《中国人民政治协商会议共同纲领》作为自己的政治纲领。此后，九三学社作为中国共产党领导的多党合作中的一个民主党派和爱国统一战线的成员，参加国家政权。
1956年2月和1958年12月，九三学社先后召开第一、第二次全国代表大会。
1978年中国共产党第十一届三中全会以后，九三学社恢复了活动。随着全国工作重点的转移，九三学社把工作重点转移到为现代化建设服务上来。
1988年12月，九三学社举行了第五次全国代表大会，修改了社章，确定今后的任务是：在爱国主义和社会主义的旗帜下，广泛团结知识界人士，坚持民主和科学，致力于改革开放，为使中国成为富强、民主、文明的现代化国家而奋斗。
